Las evidencias más tempranas de ocupación humana en Maranga corresponden al periodo Intermedio Temprano, aproximadamente hacia el 200 a.C. Durante este periodo surgen entidades políticas autónomas algunas de las cuales, como podría ser el caso de Maranga, se valieron para su subsistencia de la pesca y la agricultura gracias a una red de canales insipiente. Entre los años 2013 y 2015, en el Parque de las Leyendas se expusieron entierros humanos colocados en posición flexionada, sentados y orientados hacia el norte. Cerca de los cuerpos se identificaron una serie de elementos colocados como ofrendas entre los que destacan vasijas de cerámica, miniaturas, cuentas y piruros. Entre las vasijas, se identificaron botellas de doble pico y asa puente además de cántaros mamiformes, probablemente relacionados al estilo “Huayco” reportado también en asentamientos domésticos y cementerios de Huachipa.
La siguiente época de ocupación corresponde a la cultura Lima, que se extendió entre los valles de Chancay, Chillón, Rímac y Lurín. Cronológicamente se ubicó entre los años 300 a 800 d.C. aproximadamente, durante la segunda mitad del Intermedio Temprano y comienzos del Horizonte Medio. Esta cultura fue contemporánea a la cultura Moche por el norte y Nazca por el sur. Sus edificaciones se destacan por el uso de “adobitos” hechos a mano en forma de cubos o paralelepípedos. Aunque también emplearon la tapia, fue en menor proporción. Junto a este desarrollo arquitectónico, destaca el estilo alfarero Lima estudiado a lo largo del tiempo por distintos investigadores, pero es Thomas Patterson quien de acuerdo a los cambios en formas y decoración los divide en nueve fases. Precisamente, las primeras grandes edificaciones en Maranga se asociarían tipológicamente a las fases más tardías de Patterson. Durante esta época, la ocupación Lima estuvo compuesta por tres grandes edificaciones: Middendorf, Aramburú y Concha alineadas de noreste a suroeste, y en torno a ellas, edificaciones más pequeñas o sencillas como Huaca Potosí Alto o Huaca 20.
Durante el Horizonte Medio, época donde se discute la existencia del imperio Huari, en Maranga se realizaron grandes remodelaciones arquitectónicas en las huacas Middendorf y Aramburú entre otras. Los cambios arquitectónicos en estas huacas están relacionados a la reutilización de adobitos cúbitos y paralelepípedos de edificaciones más antiguas. También se empleó el tapial, especialmente en los flancos y adobes grandes y planos pero como elementos secundarios. Para esta época se plantea una reducción en el tamaño del asentamiento en comparación con la época Lima. Estos cambios podrían estar relacionados a la desarticulación de las élites locales, el abandono de asentamientos Lima y la concentración de actividades al norte de Maranga.
En los valles del Rímac y Lurín surge la cultura Ychsma a partir del año mil, caracterizado por el uso masivo de la tapia como elemento constructivo. La cerámica deja de tener la calidad que se observaba en los estilos Lima o Nievería, siendo más de uso doméstico y decorada con pintura blanca, crema y marrón sobre la superficie de cántaros y ollas. Al final de la secuencia Ychsma, ya bajo influencia Lima, mejora la calidad de esta cerámica. De la secuencia de seis fases para el estilo alfarero Ychsma establecida por Francisco Vallejo, las dos primeras, Ychsma Temprano A y B, no están bien definidas en Maranga. En relación a las fases media y tardía de la tipología cerámica, las construcciones más significativas en Maranga se relacionan con este periodo. La ocupación Ychsma ha dejado evidencia de diversos tipos de edificios agrupados en dos secciones bien definidas: el gran recinto amurallado y el sector extramuros.
El recinto amurallado cubre un espacio de aproximadamente 45 hectáreas, de forma casi cuadrangular y delimitado por muros altos de tapia, presentando varios momentos de remodelación. Si bien es cierto, su construcción habría iniciado durante la época Ychsma, es casi indiscutible que fue reutilizado durante la ocupación Inca de Maranga.
La sección extramuros se ubica en el extremo sureste del Parque de las Leyendas y se compone de al menos 7 edificios alrededor de un gran espacio. De estos edificios, cuatro serían más importantes: Huaca Cruz Blanca, Huaca La Cruz, Huaca San Miguel y Huaca Tres Palos, los que se distribuyen en torno a una gran plaza. El edificio más grande de todos, Huaca Tres Palos, conformado por cuatro plataformas que van en sentido ascendente de este a oeste, en su parte alta muestra una plataforma con 96 celdas, cada una de las cuales presentaba un tronco colocado verticalmente. Sobre este espacio arquitectónico se ha postulado que pudo haber tenido funciones astronómicas relacionadas a la observación del sol y la luna.
La ocupación inca de Maranga se relaciona al periodo Horizonte Tardío entre los años 1450 y 1532 d.C. Esta conquista habría sido pacífica, en un periodo donde las edificaciones Ychsma no fueron abandonadas sino remodeladas. Los edificios más representativos de la época son Huaca La Palma y el Palacio Inca, donde el primero presenta un mayor uso de adobes y el segundo muestra una entrada en doble jamba. Al parecer, los curacazgos del valle del Rímac dependían del señor de Pachacamac, máximo regente de los valles bajos del Rímac y Lurín, después del inca.
Durante los primeros años de la colonia, se edifica una casa en la parte alta de Huaca Tres Palos, relacionada al control agrícola de la zona. Años después, los pobladores de Maranga fueron reducidos hacia el pueblo de La Magdalena, junto con habitantes de otros señoríos como Lima, Huatca y Amancaes. Las grandes edificaciones de tapiales fueron paulatinamente abandonadas y sus tierras pasaron a familias españolas con títulos nobiliarios.
Ya durante la república, se mantiene el uso masivo de las tierras con fines agrícolas, lo que densifica aún más la red de canales, algunas de las cuales bordean o afectan algunos sitios arqueológicos como el caso de la Huaca 32 y de Huaca Tres Palos.