El jardín de plantas vulnerables es un jardín temático cuyo objetivo es conservar y difundir las especies nativas que se hallen en cualquier estado de conservación. Este espacio se halla ocupando  445 m2 y fue implementado con el apoyo Federación de clubes de Jardines Flor Perú e inaugurado en 24 de julio del 2002 y  se halla diseñado según las tres regiones del país, en donde se puede apreciar especies representativas de cada región. Entre las especies destacan: “hualtaco”, Loxopterygium huasango, “sapote del norte” Capparis scabrida, “caoba” Swietenia macrophylla, “tara” Caesalpinea spinosa, entre otras.