El Jardín de helechos se halla ubicado estratégicamente en el ingreso del Jardín Botánico en acorde con el sistema  evolutivo de las plantas. Este es un proyecto que se hizo con la colaboración de la Federación de clubes de Jardines Flor Perú.

Este recinto ocupa un área de 122.98m y fue inaugurado el 15 de junio del 2012, en ella se aprecia 40 especies de helechos agrupadas en 14 géneros, entre las que destacan helechos conocidos  como los “cuernos de alce” Platycerium spp. Helechos Culantrillo como Adiantum spp., “helecho chino” Pteris vittata entre otras.